对环境政策进行的经济评估通常覆盖范围广，且分析方法和步骤复杂，对结果进行相应的不确定性分析十分必要。USEPA的项目团队认为针对此类评估的不确定性分析应依据以下原则进行：（1）识别各个分析步骤中重要的不确定性来源，包括排放清单、空气质量模拟、措施成本和健康效益等各部分分析过程中的不确定性来源和结果影响，在结果呈现时通过表格提供关键不确定性方向的评估以及对结果影响的幅度。（2）尽可能使用不同的假设和模型方法来进行分析，进行参数量化和模型不确定性的量化分析；并且也对情景设置的不确定性进行探讨。（3）将这些定量分析的结果与主要结果进行比较，提供置信度和更多的潜在的深入研究方向并在后续工作中解决。USEPA列出需要深入研究的方向包括：

1. 对法规中技术要求的进一步分析：现有对减排技术的要求将无法使得全国范围实现达标，对于“未知”技术的分析需要进一步加强；
2. 在进行宏观经济影响分析的时候需要纳入更多规制带来的市场效益分析，例如农业和植被生产的提升；
3. 空气污染治理和气候变化在实现效益方面的协同和相抗（antagonistic）；
4. 排放与空气治理模拟不确定性表征与控制；
5. 不同组分和毒性污染物的影响差异和对控制政策导向的影响；
6. 对真实世界政策及相应的空气质量快速改进、健康效益提升的观察和分析（accountability）；
7. 扩大生态效益分析范围；
8. 扩大健康效益分析范围。